3 октября 1925-го года решением Правления Центрального Исполнительного Комитета Азербайджанской ССР был создан Главный суд Нахчыванской АСРР. После этого, на различных этапах именуясь по-разному, а с 1937-го года именуемый Верховный Суд Нахчыванской АРР, этот суд в последующие периоды не претерпел структурных изменений и сохранил функции рассмотрения отнесенных к нему дел в качестве суда первой и верхней инстанции, а также осуществление надзора над судами, находящимися в сфере его деятельности.
В связи с принятием в 1977-м году новой Конституции, возникла также необходимость изменить определяющее систему судебных органов Азербайджанской ССР законодательство, в результате, 16 июня 1981-го года был принят новый Закон «О судебной структуре Азербайджанской ССР». Данный закон еще больше расширил полномочия Верховного Суда Нахчыванской АССР.
С целью обеспечения в Азербайджанской Республике справедливого суда на основе передового опыта, тоесть еще большего укрепления независимой судебной власти, 10 июня 1997-го года был принят Закон Азербайджанской Республики «О Судах и Судьях», X глава этого закона в целом посвящена регулированию статуса Верховного Суда Нахчыванской Автономной Республики. В Законе разъяснены состав Верховного Суда, Правление, полномочия коллегий Верховного суда. В Законе регулируются состав Верховного Суда, Правление, полномочия коллегий Верховного суда и иные связанные вопросы.
Законом Азербайджанской Республики от 22 июня 2010-го года относительно внесения изменений и дополнений в законы Азербайджанской Республики «О Судах и Судьях» «О Судебно-Юридическом Совете» заменены названия функционирующих в составе Верховного Совета Нахчыванской Автономной Республики коллегии по гражданским делам, по делам относительно экономических споров, по уголовным делам и по делам по административным нарушениям и по делам военных судов, соответственно выражениям были заменены на гражданскую, административную, уголовную и коммерческую коллегии.
С 2006-го года Верховный Суд Нахчыванской Автономной Республики издает свой бюллетень. Посредством бюллетеня до сведения общества доводятся проводимые Верховным Советом мероприятия, статистические сведения о судебной деятельности, судьи, а также иные работающие в правовой сфере лица знакомятся с новыми нормативно-правовыми актами, в особенности нормативно-правовыми актами Нахчыванской Автономной Республики, а также новости юридической практики, в том числе резидентной практикой Европейского Суда по Правам Человека.